Er übernahm schon seit 1973 Organisten- und Chorleitungsdienste in Köln und Wesseling, von 1983 bis 2017 war er im Amt des Elisabeth-Organisten in Bonn. 1987 ging Winfried Krane hauptberuflich in den gymnasialen Schuldienst. Als Fachberater begleitete er in St. Elisabeth die umfassende Orgelrenovierung bzw. -vollendung mit dem Fernwerk und rief 1991 das „Internationale Orgelfest“ an der historischen Klais-Orgel ins Leben.
1994 übernahm er die Leitung der Erzbischöflichen Musikschule des Kölner Dommusik. Seit 1995 ist er zudem Dirigent der von ihm und Domkapellmeister Prof. Eberhard Metternich neu gegründeten Domkantorei und der Kölner Domkapelle.
Am Kölner Dom ist er verantwortlich für die Gastchöre bei der sonntäglichen Chorvesper. Ferner unterrichtet Winfried Krane das Fach Chorleitung an der Universität zu Köln.